Pour conserver l'autofocus avec le D3300, il faut un objectif AF-S, avec moteur d'autofocus intégré.
Les objectifs AF et AF-D n'ont pas de moteur d'autofocus, et le D3300 non plus. Dans cette combinaison on est forcément en mise au point manuelle.
Si tu utilises cet objectif exclusivement pour de la macro, ce n'est pas trop gênant : on préfère en général faire la mise au point en avançant/reculant l'ensemble boîtier+objectif, plutôt que d'utiliser l'autofocus, moins précis.
Si tu comptes utiliser ton 60mm aussi comme petit téléobjectif, pour du portrait par exemple, ce qu'il fait très bien, il vaut mieux choisir la version AF-S pour bénéficier de l'autofocus.
Quant à l'ouverture, est-ce que je devrai régler la bague de diaph à l'ouverture la plus petite puis gérer avec la molette de mon boitier ?
Oui.
Sur l'objectif, tu règles l'ouverture une fois pour toutes sur sa valeur la plus petite (f/16, f/22, f/32...), tu la bloques à cette valeur si l'objectif comporte un système de verrouillage (c'est le cas du 60mm AF-D par exemple) et, dès lors, l'utilisation du diaph est identique à celle d'un objectif AF-S, ou d'un objectif "G", sans bague de diaphragme : tout se fait depuis le boitier.