Du coup tu souhaites t'orienter plutôt vers la solution filtre vissé à l'objectif ou capteur modifié ?
Si tu pars sur du filtre, aux vues de ce que j'ai lu de la perte de lumière obtenue, le D1H et sa montée en ISO "relativement propre" sera un bon compagnon par contre, pas de micro réglage pour l'AF.
Si tu pars sur la modif du capteur par retrait du filtre, ben... C'est dommage de mutiler un beau boitier comme ça

Ceci dit c'est ton boitier et tu en fais ce que tu veux après tout

Perso j'en ferais pas mon quotidien de la photo IR donc un filtre me suffirait et permettrait de faire de la photo classique sans le filtre vissé à l'objectif en acceptant les contraintes de ce système ! (Rien n'est parfait en ce monde)
Concernant le D1H ça reste un 2,7MP donc ça peut être limité en usage de la photo (format de tirage, ...) pour de l'affichage sur écran (Full HD pas 4K) c'est largement suffisant et pour du tirage 10x15 aussi, plus haut c'est possible avec de bonnes conditions de prise de vue il me semble (et une très bonne optique).
Pour la solution filtre à visser, si tu as plusieurs objectifs avec un diamètre de filtre différent, prends un filtre allant sur le plus grand diamètre que tu as et achètes des adaptateurs (stepdown ou stepup) pour l'adapter sur les autres objectifs, ça te sera moins coûteux que de prendre N filtres.