Comme le dit beaud57, une MAP parfaite en Live-view et imparfaite en visée reflex peut être le signe d'un front/back focus, le système de visée LV n'étant pas sujet à ce problème.
Cependant, je pense qu'il faut faire des tests plus précis et surtout plus discriminants avant de tirer des conclusions. Pour l'instant, on navigue entre problème de f/b focus et erreurs de manipulation (vitesse trop faible, mélange flash/ambiance, iso élevés...). Donc si tu veux tirer les choses au clair, il faut tester les paramètres un à un sans mélanger toutes les sources possibles du flou constaté. Ce n'est pas en faisant des photos à main levée à 1600 iso dans le noir sur un sujet pas complètement immobile que tu vas pouvoir affirmer que ton boitier est touché ou pas par un f/b focus.
Pour ça, appareil sur trépied, bonnes conditions de lumière pour avoir une vitesse suffisante, mire, sensibilité nominale et ouverture max. Comparaison de deux lichés pris à même focale et même ouverture en visée reflex/ en live view. Si dans ces conditions-là tu constates un problème, alors il y aura une piste sérieuse pour incriminer le boitier et le front/back focus.
Et si dans ces conditions-là tout est bon, alors il faudra chercher du côté de ta technique de prise de vue.
En résumé, si tu veux avancer dans la résolution de ton problème, il te faut adopter un peu de méthode pour éliminer une à une les causes possibles.