Bonjour Papillonblanc,
Quelques idées et questions, pour tenter de trouver une solution.

Je suppose que ce n'est pas le manque de place sur l'ordinateur, qui de toutes façons doit être signalé par le logiciel.
Il existe un moyen simple de copier, c'est de ne pas utiliser Nikon Tranfer 2
et de copier directement de la carte insérée dans un lecteur externe relié à l'ordinateur.
Comment est-ce relié actuellement ? Carte et lecteur externe ou boitiers par câble ?
Quelle est la source indiquée dans le bandeau Options ?
Si le transfert est effectué à partir de ViewNX 2, menu Fichier -> Lancer Tranfer ,
une fenêtre "Nikon Tranfer 2" s'ouvre et propose en son milieu un bandeau "Vignettes"
qui permet de sélectionner les fichiers à tranférer.
Si c'est cette procédure, quelle est la sélection actuelle : Sélectionner tout /... les fichiers protégés / ...les fichiers marqués ?
Dans le bandeau Options, et l'onglet Préférences, vérifier l'option "Transférer uniquement les nouveaux fichiers"
( sauf qu'on peut bien sûr, choisir cette option )
Quelle version de ViewNX 2 et quelle configuration matérielle et logicielle ?
Les versions ViewNX 2.9.2 ( Windows 32/64 , Macintosh OS X ) et ViewNX 2.9.0 ( Windows XP )
sont en fait des versions complètes, pas des mises à jour, et leur installation doit sans doute être précédée
de certaines opérations, si une ancienne version était déjà installée.