Pas évident comme choix, car pour les domaines que tu évoques, la "supériorité" du D90 n'est pas flagrante à mon sens.
Pour l'animalier, tu vas avoir le 70-300 qui, de toute manière est motorisé.
Pour l'archi, un zoom grand angle du type 10-20 ou 12-24, motorisés eux aussi.
Donc dans ce cas, tu trouveras tout ce qu'il te faut pour pas plus cher avec le D5000.
En revanche, la différence se fait sur des optiques lumineuses tels que les 50 mm 1.8 ou 85 mm 1.8 (optiques souvent utilisées pour le portrait) qui, eux, ne seront pleinement compatibles qu'avec le D90.
Encore faut-il en avoir le besoin...
De toute manière, si ça passe au niveau budget et que tu as l'intention de t'équiper sérieusement en optiques, le D90 sera plus polyvalent. Il aura aussi une meilleure ergonomie (viseur, écran, contrôles directs...)