Ce sot deux systèmes différents, l'un ne remplace pas l'autre.
L'erreur (selon moi) que je vois de plus en plus est de switcher totalement. Je ne le conseille pas (Fuji d'ailleurs non plus) et il est probable que ceux qui l'ont fait réalisent leur erreur après coup et reviennent en arrière.
Le reflex garde pour lui une réactivité plus grande, un AF plus performant, une résistance (certains) à toute épreuve, un capteur plein format (certains). En photo d’action/sport il est irremplaçable par exemple.
L'AF Fuji a fait d'énormes progrès avec les derniers firmwares mais il reste en retrait. L'AF continu par exemple n'est pas 3D mais avant-arrière uniquement. Il y a plein de nuances subtiles d'un système à l'autre dont il faut avoir conscience.
Dans certaines situations par contre, la discrétion et l'excellent capteur Fuji font merveille (théatre, scène, rue, etc.).
Après, il faut compter les switchs car je ne suis pas persuadé qu'il y en ait tant que ça non plus.