Les pré-éclairs du flash intégré sont systématiques, quel que soit le boitier, D5000 ou un autre, dès lors qu'on est en mode de flash TTL.
La seule différence entre le D5000 et le D90 que tu cites, c'est que le flash intégré peut être passé (D90) ou non (D5000) en mode contrôleur, et qu'on peut donc éventuellement supprimer l'éclair principal, mais pas les pré-éclairs de mesure.
Edit : La raison pour laquelle le système SU4 ne réagit pas aux pré-éclairs est très simple, c'est qu'il communique avec le boitier par infra-rouge.