pfff va falloir reprendre les basiques et surtout prendre le temps de lire les forums.
Ufraw, un greffon de gimp gère tres bien les fichiers .nef
Un fichier nef est un fichier brut de capteur, sans traitement contraîrement au fichier jpeg, qui lui subit la compression ainsi que les améliorations de l'appreil, pour l'nesemble des photos c'est amplement suffisant. Pour des photos dans des condition plus difficles les raw sont là pour te rendre service.
Le fichier raw est codé en 12 bit sur le d5000 (plus d'informations au niveau des couleurs) alors qu'un jpeg est codé en 8 bit
Lorsque tu auras téléchargé la dernière version de ufraw, (la 17 je crois) tu pourras ouvrir directmeent les fichiers .nef, ensuite une fois tes réglages effectués tu clique sur l'icone gimp et là ton fichier sera ouvert dans gimp.
Ensuite pour enregistrer il faudra que tu changes l'extension soit au format xcf, c'est le format gimp pour conserver toutes les informations (par contre ce sont des fichiers très lourds) ou sous autre formats, tiff, jpeg psd, ....
Et pour répondre à ta question, ufraw conserve les réglages précédents.
Sinon tu as moyen de créer des script comme sur excel en mode apprentissage.
Enfin il y a des forums dédiés à gimp avec plein de tutoriels
bon courrage.