Si ton image d'origine est un .tiff, Photoshop te propose de l'enregistrer en .tiff, même s'il y a des calques.
Si ton image d'origine est en jpeg et que tu n'as pas de calques (ou que tu as préalablement aplati l'image), l'option proposée par défaut est jpeg.
Mais dès que tu as des calques, tu ne peux pas enregistrer en jpeg. Donc l'option de format proposé à l'enregistrement est la première option compatible sur la liste, soit .PSD.
Tu ne peux pas non plus enregistrer en .jpeg si tu es en 16 bits, le jpeg n'acceptant que 8 bits.