Comme promis, voici la réponse du support Nikon (qui confirme ce qu'on avancés certains sur ce post):
"Merci d'avoir contacté le service technique de Nikon, je suis désolée pour ce désagrément, cependant je vous confirme qu'à partir du moment où vous avez un objectif VR monté sur un Z6 via la bague FTZ, il est normal que l'option 'Réduction de vibration' soit inaccessible, toutefois, sachez que la VR du boîtier est malgré cela active, elle vient compléter la VR de l'objectif avec les deux mouvements rotatifs.
Nous avons pris conscience du manque de clarté du message obtenu sur le Z6 et nous avons fait remonter l'information au service de développement."
Peut-être un message plus clair dans une futur MAJ du firmware si le message remonte réellement au développement.