Si l'image de départ est un fichier RAW, la fenêtre de Camera RAW comporte, tout en bas, une ligne en caractères bleus mentionnant les principales caractéristiques du fichier (Espace de travail Adobe, profondeur, dimensions du fichier, résolution). Un double-clic dessus fait apparaître les options. Essaie de décocher en bas "Ouvrir dans Photoshop comme objets dynamiques", ça vient peut-être de ça, les objets dynamiques ne permettant pas toutes les opérations habituellement disponibles sur les calques.Tu peux aussi vérifier que tes calques sont des objets dynamiques en allant dans le menu calques/objet dynamiques. Si pixelliser est en gras, tu peux pixelliser le calque incriminé qui deviendra un calque ordinaire.
Mais en tous cas, les objets dynamiques n'ont jamais empêché d'aplatir une image.
Pour être certain qu'il s'agit de ça, il faudrait que j'aie ta palette calque sous les yeux ainsi que les caractéristiques de ton fichier.