L'intérêt est celui du respect de l'intégrité du fichier.
Un RAW (ou un NEF, peu importe) est LE fichier source que l'on utilise ensuite pour traiter et 'fabriquer' les JPG pour tirage, web, etc. Ce faisant on n'adresse le fichier qu'en lecture, jamais en écriture et on garantit ainsi le fait que le fichier d'origine reste intègre : les données qu'il contient ne sont pas modifiées.
D'un autre coté, l'attitude la plus raisonnable (et ceux qui ne le font pas ont tout intéret à s'y mettre) est de faire déjà une sauvegarde à l'import, du coup on aura toujours, de toute façon, une version originale du fichier tel que sorti du boitier.
Ensuite, il faudrait aussi songer à faire des sauvegarde régulière des fichiers modifiés, et c'est sur ce point que l'utilisation de deux fichiers offre le gros avantage de donner moins de volume à sauvegarder, mais sinon...
Si on utilise un seul fichier comme NX2 le fait, on stocke les données de traitement dans le RAW cela signifie que celui-ci est modifié et que donc son intégrité n'est plus garantie : il suffit que le logiciel qui écrit les données génère une erreur pour que le RAW ne soit plus lisible (c'est déjà arrivé). Et adieu la photo.
Tout dépend si cela vient d'un bug du soft ou d'un plantage lors de l'écriture qui du coup ne s'est pas finie.
Pour un bug, c'est récupérable car souvent c'est du au fait que les données ne sont pas écrites au bon endroit ou avec la bonne codification.
J'ai plusieurs fois été confronté à cela en utilisant Digikam (utilisant lui même exiv2 pour écrire les métadonnées dans les fichiers), et jusqu'à maintenant, après quelques sueurs froide et divers rapport de bug, j'ai toujours réussi à récupérer mes photos. A noter également que certains dérawtiser arrivait très bien à lire ces fichiers aux métadonnées corrompues, car ils ne ce souciaient pas plus que ça des métadonnées, mais ce n'est pas le cas de CNX par exemple qui est plus exigeant de ce côté là.
Tout processus d'archivage industriel exclut systématiquement la modification d'un fichier source, c'est contraire à l'éthique des archiveurs et à toutes les normes et certifications d'archives.. De plus en photo certains demandent maintenant les fichiers RAW pour que le photographe puisse prouver que la photo n'est pas retouchée (cf. les discussions sur le sujet aux Rencontres d'Arles 2010). Si le RAW a été modifié par un logiciel (ici NX2) je ne suis pas certain qu'il soit encore considéré comme "fichier source" puisqu'il porte la trace de modifications de traitement. Donc pas accepté. Un vrai débat à venir manifestement et une orientation des éditeurs à prendre. C'est pourquoi Adobe laisse le choix de gérer des sidecars ou pas.
Si le RAW est modifié par CNX en aucun cas les données brutes ne le sont elles, donc je ne sais pas si ça ne passerait pas mais je ne vois pas pourquoi. Tout dépend sur quoi cela se base. Et puis il faut voir aussi ce que c'est qu'une photo retouchée ? Si c'est régler luminosité, contraste etc... je ne considère pas cela comme de la retouche, c'est juste le travail du développeur, si c'est gommer un poteau, gommer un passant etc..., là ok, encore que sur certains sujets cela peut se justifier (mais pas pour de la photo de reportage, là dessus on est d'accord je pense).