Ca dépend si tu shoote en RAW. S'agissant d'un D3S, je présume que oui...Alors 1000 photos c'est une carte de 16 GO, puisque tes fichiers unitaires feront de 13 à 15 MO chaque. En jpg ... 1000 images c'est rien (2 GO suffisent).
Pour les 2 emplacements, c'est mieux de mettre le même type de carte. A toi de voir si tu veux jouer la sécurité (les images écrites sur les 2 cartes à la fois) ou la capacité (passage d'une carte à l'autre automatique dès que la 1ère carte est remplie)
Je te conseille des générations de cartes rapides, type LExar 533x, ou SanDisk (plus cher). La différence avec des cartes lentes se voit surtout au déchargement des cartes sur l'ordi, à condition d'avoir un lecteur adéquat (Sandisk en commercialise un très bon et très rapide, qui n'est pas réservé aux cartes Sandisk
). Tu constateras par contre très peu de différence à l'usage sur le D3, peut être tout au plus une ou deux vues de plus dans les rafales rapides.