En mode S, l'utilisateur choisit la vitesse et le boitier adapte l'ouverture pour avoir la bonne quantité de lumière.
Si la luminosité est faible, le boitier va ouvrir le diaphragme au maximum, c'est ce qu'il a fait ici en ouvrant à f/5.6.
Mais si la quantité de lumière est toujours trop faible pour donner l'exposition qu'il juge juste, il clignote pour signaler l'impossibilité qu'il a de trouver une bonne exposition avec la vitesse choisie.
La seule ressource qui reste alors à l'utilisateur est de monter la sensibilité iso pour pouvoir illuminer suffisamment le capteur avec le peu de lumière disponible.
C'est ce qu'il a fait de sa propre "initiative" lorsque tu es passé en tout automatique. En revanche, en mode S, P, A ou M, c'est à l'utilisateur de le faire lui-même.