La transparence du GIF devrait fonctionner avec tous les navigateurs (sauf peut être avec lynx, mais bon
)
À noter que la transparence du gif est en fait un masque qui ne concerne qu'une couleur à définir parmi la pallette des 256 couleurs possibles dans le gif.
Le format PNG a l'avantage de proposer un vrai canal alpha, c'est à dire une composante supplémentaire (en plus du rouge, du vert et du bleu) qui permet de définir une transparence partielle sur n'importe quel pixel, indépendamment de sa couleur.
Le problème est que le canal alpha du PNG n'est pas géré dans Internet Explorer 6 et antérieurs... À toi de voir si c'est important selon les statistiques de fréquentation de ton site web.
Si c'est juste pour une bannière sur ton site, ne peux-tu pas tout simplement faire la fusion des images en amont dans Photoshop ?