Le ".mov" n'est absolument pas un format vidéo, ce n'est que le format du conteneur d'Apple Quicktime au même titre que avi, mp4, flv, et bien d'autres.
Les fichiers ".mov" peuvent donc, comme les autres conteneurs, contenir à peu près tous les formats vidéo, du dv au mpeg2 en pal ou , du H263 du H264 etc ... avec la même variété pour le son (pcm (wav, mp3, ac3, ...) inclus ou non dans le flux.
Changer de conteneur est relativement facile, changer de format nécessite le plus souvent un décodage/réencodage complet.
VLC fait ça très bien depuis des années avec les codecs, en général gratuits, qui sont présents sur la machine.
Pour voir quels codecs sont utilisé à l'intérieur du conteneur, il existe GSPOT, qui est gratuit.